由于細胞壁等因素的限制，植物的單細胞研究要稍晚于動物領域，目前植物單細胞文章主要是針對少量單細胞轉錄組異質性的研究，高通量水平還未應用到植物領域。2019年2月4日，美國密歇根大學John Schiefelbein實驗室在線發表了擬南芥高通量單細胞轉錄組（scRNA）研究文章，發表雜志為Plant Physiology（IF=5.949），這也是第一篇將10x Genomics scRNA測序應用在植物中的發表文獻。
植物10x Genomics scRNA-seq一個很大的限制因素是無法獲得高活力的原生質體，下面給出了上述文獻中擬南芥根組織原生質體的制備流程，供參考，實際操作時需要根據研究的組織類型，對實驗條件進行優化，例如解離酶的選擇、解離酶的處理時間等。
1、溶液準備
清洗液：0.4 mM 甘露醇（Mannitol）、20mM MES (pH 5.7)、20 mM KCl、10mM CaCl2、0.1% (w/v) BSA；
酶解液：1.25% (w/v) 纖維素酶Cellulase("ONOZUKA" R-10, Yakult)、0.1% (w/v)果膠酶Pectolyase (P-3026, Sigma-Aldrich)、0.4 mM Mannitol、20mM MES (pH 5.7)、20 mM KCl、10mM CaCl2、0.1% (w/v) BSA。
2、原生質體懸液制備
1） 取擬南芥根尖，切碎，70-μm濾器過濾；
2） 置于35 mm培養皿中，加入酶解液；
3） 放入恒溫搖床（85 rpm），25°C酶解1h；
4） 500 g 離心10 min；
5） 離心，加入500 μL清洗液洗滌；
6） 40μm細胞濾器過濾原生質體懸液后，200g離心 6 min；
7） 清洗液重懸，確定原生質體濃度，冰上放置，可進行10x上機標記。
