恒溫搖床的振幅和轉速都會影響培養基中的氧氣傳遞效率OTR。氧氣傳遞效率是指氧氣從大氣中傳入到液體中的效率。OTR數值越高，氧傳遞效率越高。 混合效果越好，氧傳遞速率(OTR)就越好。當然很多科研人員也會用溶氧量這個數據來解釋。一般來說，振幅大，轉速快，OTR和溶氧效率都會高。轉速振幅的高低對于耗氧量大的菌，受溶氧影響大的菌株影響十分明顯。像做檸檬酸發酵等需氧量大時實驗，轉速過低會導致活菌數目大大減少的。
在《毒力菌株最佳發酵時間的優化實驗》中對恒溫搖床轉速設置4個梯度來研宄對菌株B.HLJ-37的影響，分別在轉速為0、100、200、250r/min時，進行單因素對發酵的影響試驗。試驗結果顯示：細胞搖床轉速對發酵產生的活芽孢數以及活菌數也有著十分顯著的影響。發酵結束后，測定細胞搖床轉速為200r/min時，菌液中活芽孢數已經達到9.;05X108CFU/mL，而細胞搖床轉速為0、100、250r/min的菌液中活芽孢數僅為9.31X107、3.37X108、6.32Xl08CTU/mL。測定細胞搖床轉速為200r/min時，菌液中活菌數已經達到3.01X109CFU/mL，而搖床轉速為0、100、250r/min的菌液中活菌數僅為1.63X108、2.33X109、2.17X109CFU/mL。所以，可以得出搖床轉影響菌體生長、導致芽孢數和晶體蛋白產量下降，致使菌株毒力降低。
